Di tahun 2009, Stadiona Mandala direnovasi untuk disesuai dengan standar internasional guna menyambut kompetisi internasional yang bakal dilajalani Persipura Jayapura.
Renovasi kali ini dipasang papan skor digital dan big screen yang harganya mencapai Rp10 miliar serta lampu stadion berharga sekitar Rp7,8 miliar.
Selain itu, Stadion Mandala juga mendapat tambahan ruang ball boy, ruang pijat, dan ruang internet berkecepatan tinggi untuk tempat jumpa pers dengan wartawan.
Soal kualitas rumput, Stadion Mandara adalah salah satu dari tiga stadion di Indonesia yang menggunakan kuaitas rumput yang sama, diantaranya Stadion Jakabaring Palembang, Stadion GBK, dan Stadion Mandala sendiri.
Pada 2019, Pemerintah Provinsi Papua melalui Dinas PUPR kembali melakukan renovasi terhadap Stadion Mandala dengan menggunakan anggaran dana APBD 2019.
Stadion Mandala direnovasi secara keseluruhan mulai dari drainase lapangan, rumput, kursi penonton, hingga lampu disesuaikan standar dari AFC.
Untuk lampunya, ditambah berkapasitas 1.200 Lux dan rumput lapangan diganti Zoysia matrella.***